Nhìn chung, B. Fragilis nhạy cảm với metronidazole, carbapenems, tigecycline, beta-lactam/beta-lactamase kết hợp (ví dụ, Unasyn, Zosyn) và một số thuốc chống vi trùng nhất định của nhóm cephalosporin, bao gồm cả cefalinporin. Các vi khuẩn có tính kháng cao với penicillin. Sản xuất beta lactamase dường như là cơ chế chính của kháng kháng sinh ở B. fragilis.[10] Clindamycin không còn được khuyến cáo là tác nhân hàng đầu đối với B. fragilis do kháng thuốc ở mức độ cao mới (> 30% trong một số báo cáo).[11][12]